了一会儿，干脆也主动请辞，而皇帝虽然本不愿事情搞得如此僵硬，打算事后等他“再三请辞”才批准，可惜众臣不答应，纷纷拱火，徐学谟因此越发坚持，不肯继续当政。不得已，皇帝只好答应下来。
这一下事情牵连就大了，尤其是对于申时行和王锡爵而言，如果在实学派声威大振之时他们再丢了礼部尚书的位置，心学派可就真是被实学派压着打了。因此在接下来推举礼部尚书之时，他们也顾不得什么避嫌，哪怕亲自上阵，也绝不允许实学派的人顶上这个位置。
为了礼部尚书的改换问题，廷议争得十分激烈，到了最后，申时行和王锡爵也没完全达到目的，但是避免了最坏的结局：新任礼部尚书的人选被确定为于慎行。
于慎行是隆庆二年金榜出身，其老师是张居正。虽然张居正留下的门生弟子并未遭到高拱的打压，甚至如梁梦龙这样的弟子还加入了实学派——本质上张居正也是信奉实学的，所以这话更准确一点说应该是梁梦龙加入了高党。
然而于慎行却有些特别，他的特点是“不党”。于慎行的为人一贯以忠厚平恕、襟怀坦白著称。不管是对皇帝、对首辅还是对同僚，皆心胸坦荡、真诚相待。
比如早年曾有一次于慎行等人讲课完毕，朱翊钧让人拿出许多历代字画，叫他们赋诗题字。于慎行学问虽好，但字写得不好，只好自己作诗，请人代题，并当众承认自己写不好字。朱翊钧反而很赞赏他的诚实，当即写了“责难陈善”四个大字赐他，词林传为盛事。
其实在原本的历史上，于慎行的表现更出众。那是万历初年，张居正当国，对稳定朝政做出了许多贡献。但张居正个人作风独断专行，钳制下僚、压制百官，引起朝中文武官员普遍不满，甚至闹出了学生弹劾恩相的大事件。
御史刘台弹劾张居正专恣不法，被下狱谪戍。同僚皆畏张居正之势，不敢再见刘台。于慎行不管这些，亲自登门看望刘台，当时就引起张居正不满。
到了万历六年，张居正父亲病故，他不想尊制守丧，授意门生提出“夺情”。朱翊钧予以批准，结果举朝大哗。于慎行与其他大臣一起疏谏，以纲常大义、父子伦理劝朱翊钧收回成命，张居正由此更不高兴。
于是有一次，他见到于慎行时便说：“可远，你是我最赏识的学生之一，我平时待你不薄，没想到你也这样对我！”
于慎行却恭敬而肃然地回答：“正是因为老师对我不薄，我才不得不这样啊！”到了万历十年，张居正死去，以往种种问题都
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